1、抗药菌株产生：使用抗生素时间长，或疗程短、频繁更换品种以及用量不足等，可使病菌对药物的敏感性降低，而产生耐药菌株。耐药菌株可使多种抗菌药物疗效降低或失效。
2、鸡体抗病能力降低：饲料或饮水中长期添加抗菌药物会使鸡的自身免疫功能下降，一旦药物剂量不足或停药，则更易受病原微生物的侵袭而发生疾病。
3、鸡体中毒：超剂量用药、累加用药、多种药物联合使用以及长期用药等，均可造成鸡体中毒和肠道正常菌群失调，而致消化不良、腹泻生长缓慢，严重者造成大批死亡。
4、药物残留与环境污染；长期大剂量、不加限制地使用抗菌药物，致使畜产品（尤其是肉食品）药物残留严重超标，危害人的健康。一些不被肠道吸收的药物，随粪便排出而造成环境污染。