利用基因工程技术制取的疫苗，包括基因缺失苗、核酸疫苗、亚单位疫苗和活载体疫苗。
1、基因缺失苗：应用基因操作，将病原细胞或病毒中与致病性有关物质的基因序列除去或失活，使之成为无毒株或弱毒株，但仍保持免疫原性（如猪伪狂犬病基因缺失苗）。
2、核酸疫苗：应用一种病原微生物的抗原遗传物质，经质粒载体DNA接种给动物，能在动物细胞中经转录转译合成抗原物质，刺激动物产生保护性免疫应答（目前还处在试验阶段）。
3、亚单位疫苗：微生物经物理、化学方法处理，去除其无效物质，提取其有效抗原部分（如细菌荚膜、鞭毛，病毒衣壳蛋白等），制备的疫苗（如猪大肠杆菌菌毛疫苗）。
4、活载体疫苗：应用动物病毒弱毒或无毒株如痘苗病毒、疮疹病毒、腺病毒等作为载体，插入外源抗原基因构建重组活病毒载体，转染病毒细胞而产生的（如狂犬病活载体疫苗）。