当前，粗放型小规模畜禽养殖场所粪污处理设施简陋，对周围人居环境及饮用水水源造成直接危害，由此引发的相关环境信访问题及环保行政处罚案件数量也日趋增多。相比其他行业，针对畜禽养殖环境违法行为的法律适用较为复杂，既可适用一般的环境法律法规，也可适用特殊规定。
对此，笔者就畜禽养殖环境违法行为几个相关情形的环保行政处罚适用法律法规问题做了思考和探究。
对违反环评及“三同时”制度如何处罚?
对畜禽养殖场违反环评及“三同时”制度的行为进行处罚，必须查清这一畜禽养殖场是否属于建设项目，是否需要编制环境影响评价报告书、报告表。
畜禽养殖场所是否要执行环评制度，要看是否属于《建设项目环境影响评价分类管理名录》里规定的类别。按照名录规定，畜禽养殖项目的类别是“畜禽养殖场、养殖小区”。《畜禽规模养殖污染防治条例》第四十三条规定，畜禽养殖场、养殖小区的具体规模标准由省级人民政府确定。对此，江苏省确定的标准为生猪存栏200头以上，或家禽存栏1万只以上，或奶牛存栏50头以上，或肉牛存栏100头以上。达到这一规模，才能称为畜禽养殖场、养殖小区。
畜禽养殖场所是否执行“三同时”制度，要看其是否属于环境影响报告书、报告表项目。《建设项目环境影响评价分类管理名录》规定，年出栏生猪5000头(其他畜禽种类折合猪的养殖规模)及以上或环境敏感区域的畜禽养殖场、养殖小区，属于报告书项目，其他的属于登记表项目。结合江苏省政府对畜禽养殖场、养殖小区的规定，以生猪为例，生猪年存栏不到200头的为养殖散户，无须办理环评手续;生猪年存栏200头以上不到5000头的，属于登记表项目，要进行备案;5000头以上的，属于报告书项目，要报环保部门审批。
据此，规模养殖场(小区)未按登记表项目报经环保部门备案投入经营使用的，应当按照《环境影响评价法》进行处罚，责令备案，罚款5万元以下。对属于报告书项目的，应该按照《环境影响评价法》和《建设项目环境保护管理条例》规定，按同时违反环评和“三同时”制度规定进行处罚。
《水污染防治法》对水源保护区内建设项目的要求更为严格，对违反相关规定的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，处10万元以上50万元以下罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令拆除或者关闭。其中包括在饮用水水源二级保护区内新建、改建、扩建排放污染物的建设项目，应以特别法优先的原则，参照水源保护区内的畜禽养殖场项目进行处罚。
对违法排污行为如何处罚?
原则上，针对畜禽养殖污染物排放超标及不正常使用污染治理设施等违法行为，可以依据相应条款进行处罚。除此之外，法律有特殊规定的，可以根据特殊规定进行处罚。
水污染方面，根据《水污染防治法》规定，向水体排放、倾倒工业废渣、城镇垃圾或者其他废弃物，或者在江河、湖泊、运河、渠道、水库最高水位线以下的滩地、岸坡堆放、存贮固体废弃物或者其他污染物的，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，限期采取治理措施，消除污染，处以罚款;逾期不采取治理措施的，环境保护主管部门可以指定有治理能力的单位代为治理，所需费用由违法者承担。
大气污染方面，根据《大气污染防治法》规定，未采取措施防止排放恶臭气体行为的，由县级以上人民政府环境保护等主管部门按照职责责令改正，处1万元以上10万元以下罚款;拒不改正的，责令停工整治或者停业整治。
固废污染方面，根据《固体废物污染环境防治法》规定，从事畜禽规模养殖未按照国家有关规定收集、贮存、处置畜禽粪便，造成环境污染的，由县级以上地方人民政府环境保护行政主管部门责令限期改正，可处5万元以下的罚款。
以案释法
叶某某是厦门市同安区的生猪养殖户，拥有近一万五千头生猪，但他却因为这些“二师兄”，被法院判赔三十四万余元。
2011年以来，叶某某未经行政机关审批、备案，擅自在厦门市同安区畜禽养殖禁养区内非法占地建设养猪场，进行规模化生猪养殖总数近一万五千头。该生猪养殖场仅建设了沼气工程，并未配套建设其他污染防治设施进行综合防治与无害化处理，存在粪尿及清洗猪舍污水未经处理直接排放至周边农用地及裸露环境，以及生猪粪便随意堆放、未进行无害化处理及病死猪随意丢弃等现象，粪尿污水得不到及时处理，随意的排放严重污染了周围环境，特别是猪场附近的土壤生态系统。
2018年5月，福建省环保志愿者协会向厦门市中级人民法院提起环境污染责任纠纷民事公益诉讼，请求判令叶某某承担环境侵权赔偿责任，赔偿917520.3元，并将赔偿款项用于生态修复。
厦门市中级人民法院一审认为，叶某某规模化生猪养殖行为造成了环境污染损害后果，侵害了社会公共利益，应承担侵权赔偿责任，遂根据福建历思司法鉴定所出具的鉴定意见，判决叶某某应支付环境污染赔偿款917520.3元，用于厦门市同安区的环境生态修复;在福建省级以上媒体向社会公开赔礼道歉;支付公告费1040元、律师服务费54670元、鉴定费90000元。
叶某某不服一审判决上诉。福建省高级人民法院二审认为，福建历思司法鉴定所出具的《司法鉴定意见书》中未考虑到叶某某的生猪养殖场已建设沼气工程的事实，据此变更一审判决相关判项，改判叶某某支付环境污染赔偿款344077.95元，用于厦门市同安区的环境生态修复。
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